A região do Nahuel Huapi é herdeira de várias histórias, culturas e etnias, já que entre seus povoadores originais se podem encontrar os tehuelches (caçadores e recolhedores), os puelches (bem adaptados à vida lacustre em rios e lagos) e os grupos araucanizados, mais acostumados às atividades agrícolas.

A povoação aborígene foi testemunha da chegada do homem branco, que começou a chegar do Chile, entre os séculos XVII e XX, e adotou diferentes formas como missões jesuíticas evangelizadoras, organizações escravistas, viajantes ou entradas militares. A Campanha do Deserto (1883), liderada pelo general Julio Argentino Roca, finalmente desarticulou os grupos nativos, nessa época na defensiva e sem o menor poder de coesão, e fortaleceu a presença do homem branco na região. O primeiro argentino a chegar até as margens mesmas do lago Nahuel Huapi foi o Perito Francisco Pascasio Moreno em 1875.